國家重點研發計劃由原來的國家重點基礎研究發展計劃（973計劃）、國家高技術研究發展計劃（863計劃）、國家科技支撐計劃、國際科技合作與交流專項、產業技術研究與開發基金和公益性行業科研專項等整合而成，是針對事關國計民生的重大社會公益性研究，以及事關產業核心競爭力、整體自主創新能力和國家安全的戰略性、基礎性、前瞻性重大科學問題、重大共性關鍵技術和產品，為國民經濟和社會發展主要領域提供持續性的支撐和引領。

1、牽頭申報單位和參與單位應為中國大陸境內注冊的科研院所、高等學校和企業等，具有獨立法人資格，注冊時間為2015年12月31日前，有較強的科技研發能力和條件，運行管理規范。政府機關不得作為申報單位進行申報。申報單位同一個項目只能通過單個推薦單位申報，不得多頭申報和重復申報。
  2、項目（含任務或課題）負責人須具有高級職稱或博士學位，1957年1月1日以后出生，每年用于項目的工作時間不得少于6個月。
  “干細胞及轉化研究”、“納米科技”、“量子調控與量子信息”、“蛋白質機器與生命過程調控”4個重點專項中設立青年科學家項目，青年科學家項目不設課題，項目負責人及參與人員均應為1982年1月1日以后出生。青年科學家項目負責人須同時具有高級職稱和博士學位。
  3、項目（含任務或課題）負責人原則上應為該項目（含任務或課題）主體研究思路的提出者和實際主持研究的科技人員。中央和地方各級政府的公務人員（包括行使科技計劃管理職能的其他人員）不得申報項目（含任務或課題）。
  4、項目（含任務或課題）負責人限申報1個項目（含任務或課題）；國家重點基礎研究發展計劃（973計劃，含重大科學研究計劃）、國家高技術研究發展計劃（863計劃）、國家科技支撐計劃、國家國際科技合作專項、國家重大科學儀器設備開發專項、公益性行業科研專項（以下簡稱“改革前計劃”）以及國家科技重大專項、國家重點研發計劃重點專項在研項目（含任務或課題）負責人不得牽頭申報項目（含任務或課題）。國家重點研發計劃重點專項的在研項目負責人（不含任務或課題負責人）也不得參與申報項目（含任務或課題）。
  項目骨干的申報項目和改革前計劃、國家科技重大專項、國家重點研發計劃在研項目總數不得超過2個；改革前計劃、國家科技重大專項、國家重點研發計劃的在研項目（含任務或課題）負責人不得因申報國家重點研發計劃重點專項項目（含任務或課題）而退出目前承擔的項目（含任務或課題）。
  計劃任務書執行期（包括延期后的執行期）到2017年6月30日之前的在研項目（含任務或課題）不在限項范圍內。
  5、特邀咨評委委員不能申報項目（含任務或課題）；參與重點專項實施方案或本年度項目指南編制的專家，不能申報該重點專項項目（含任務或課題）。
  6、受聘于內地單位的外籍科學家及港、澳、臺地區科學家可作為重點專項的項目（含任務或課題）負責人，全職受聘人員須由內地聘用單位提供全職聘用的有效證明，非全職受聘人員須由內地聘用單位和境外單位同時提供聘用的有效證明，并隨紙質項目預申報書一并報送。
  7、申報項目受理后，原則上不能更改申報單位和負責人。
  8、項目的具體申報要求，詳見各重點專項的申報指南。
  各申報單位在正式提交項目咨詢書前可利用國家科技管理信息系統公共服務平臺查詢相關科研人員承擔改革前計劃和國家科技重大專項、國家重點研發計劃重點專項在研項目（含任務或課題）情況，避免重復申報。